Le sue origini risalgono al '700 quando Ferdinando di Borbone decise di unificare le sedi cittadine che custodivano collezioni d'arte e di antichità, che per la maggior parte facevano parte dei possedimenti di famiglia. Con l'unità d'Italia, il museo borbonico divenne di proprietà dello Stato, divenendo così Museo Nazionale. Attualmente si sviluppa su quattro livelli e custodisce testimonianze di numerose epoche e civiltà: da quella greca a quella egizia, passando per la cultura etrusca e per il vastissimo insieme di ritrovamenti provenienti dagli scavi della vicina Pompei.